Oglejski patriarh Gregorij je leta 1260 ustanovil župnijo sv. Kancijana in izročil patronatske pravice turjaškim vitezom. Tako je ostalo več kot 500 let, do leta 1789, ko sta se odcepili župniji Turjak in Rob. Od prvotne župnijske cerkve so ostali le temelji romanske stavbe, medtem ko je od prve gotske faze ostala gotska apsida v stranski ladji. Pozneje sta bili k njej prizidani glavna in leva ladja. To je iz druge gotske faze, ko so leta 1487 posvetili tri oltarje. Od te cerkve je vidna gotska zunanjščina glavne in desne apside. »V tej cerkvi je bil 9. junija 1508 krščen Primož Trubar,« beremo na najnovejši spominski plošči. Med letoma 1564 in 1598 je bila župnija v protestantskih rokah. Med drugimi je bil tu župnik Jurij Dalmatin, prevajalec celotnega Svetega pisma. V 18. stoletju je dokončno prišel barok v Škocjan, tako da je goriški nadškof Mihael Attems 8. septembra 1753 posvetil novo (preurejeno) cerkev. Zadnjo prezidavo je leta 1907 izpeljal župnik Janez Jereb, ki je podaljšal glavno, preuredil obe stranski ladji; tako je cerkev dobila današnjo obliko. Ob stoletnici je bila leta 2007 obnovljena celotna cerkvena fasada. Cerkvena oprema je večinoma iz 19. in 20. stoletja. Glavni oltar je delo kiparja Avguština Götzla, misijonski križ Franca Jonteza, orgle Franca Jenka. Ob 500-letnici Trubarjevega rojstva je Restavratorski center položil nov starinski tlak, saniral omet, postavil nov primeren oltar in prestavil krstni kamen; odkril je tudi freske, ki pa še čakajo obnove.

dr. Edo Škulj